עם ההתפתחות המשגשגת של מחפרניות וההתקדמות המהירה של המדע והטכנולוגיה, חברות מחפרות שונות פיתחו סוגים שונים של מחפרות כדי לעמוד בדרישות הבנייה של פרויקטים שונים. ניתן לחלק את מתקני המחפר הנפוצים בפרויקטים הנדסיים לשתי קטגוריות עיקריות: מכאניות והידראוליות. מחפרנים מכניים משתמשים בעיקר בציוד חפירה לחפירה תת-מימית, תוך שימוש בציוד עצמו להרמה אנכית כדי להשיג את יעדי הפרויקט. אלה כוללים בעיקר מחפרות אחיזה, מחפרניות דליים ומחפרות סולם. מחפרנים הידראוליים, לעומת זאת, משתמשים בסיבוב מכני כדי לחתוך את שכבת הקרקע התת-מימית, מערבבים את המשקעים עם מים ליצירת תמיסה בריכוז מסוים, אשר מועברת לאחר מכן לחוף דרך צינורות. אלה כוללים מחפרות שאיבה, מחפרות שאיבה חותכות ומחפרות שאיבה נגררות. בבחירת מחפר יש להתייחס לאופי הפרויקט ולתנאים המטאורולוגיים, ההידרולוגיים והגיאוגרפיים של אזור הבנייה.
באזורי חוף ושפך שפך עם רוחות וגלים חזקות וללא מחסה, מומלצים-מחפרוני יניקה נגררים בעצמם; מחפרות יניקה חותכות עם צינורות משמשות בדרך כלל בשילוב עם פרויקטי שיקום; מחפרני דלי משמשים לקרקעית קרקע קשה; ועבור אזורי עבודה קטנים, כמו בחזית רציפי הנמל, עדיפים מחפרני חפירה. במהלך פעולות חפירה, חיוני להימנע מהפרעה לניווט של כלי תובלה, לשים לב לפעולה בטוחה ולוודא שכל המתקנים תקינים. יש לסמן את המיקום המדויק של אזור החפירה באתר-, ולהגדיר אותות מפלס מים, סימון אזורי חפירה ופריקה. יש לבצע מדידות עומק תכופות כדי לשפר את בטיחות פעולת החפירה.
